diff --git a/pycgtool/frame.py b/pycgtool/frame.py
index 357344cc0b1ff434f32889a9148e4e31480b392a..2c4b76fe2b6dd388a9bb21593ccbe443572c602e 100644
--- a/pycgtool/frame.py
+++ b/pycgtool/frame.py
@@ -346,7 +346,8 @@ class Frame:
if gro is not None:
open_xtc = {"simpletraj": FrameReaderSimpleTraj,
- "mdtraj": FrameReaderMDTraj}
+ "mdtraj": FrameReaderMDTraj,
+ "mdanalysis": FrameReaderMDAnalysis}
try:
self._trajreader = open_xtc[xtc_reader](gro, xtc, frame_start=frame_start)
except KeyError as e:
@@ -364,6 +365,12 @@ class Frame:
@classmethod
def instance_from_reader(cls, reader):
+ """
+ Return Frame instance initialised from existing FrameReader object
+
+ :param FrameReader reader: FrameReader object
+ :return: Frame instance
+ """
obj = cls()
obj._trajreader = reader
obj._trajreader.initialise_frame(obj)
diff --git a/test/data/water.pdb b/test/data/water.pdb
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..c1882c25654c3dec6036807b301a3dd89446fc57
--- /dev/null
+++ b/test/data/water.pdb
@@ -0,0 +1,669 @@
+TITLE Water
+REMARK THIS IS A SIMULATION BOX
+CRYST1 18.987 18.987 18.987 90.00 90.00 90.00 P 1 1
+MODEL 1
+ATOM 1 OW SOL 1 6.960 13.300 12.110 1.00 0.00
+ATOM 2 HW1 SOL 1 6.620 12.360 12.030 1.00 0.00
+ATOM 3 HW2 SOL 1 7.900 13.340 11.790 1.00 0.00
+ATOM 4 OW SOL 2 7.000 2.890 3.760 1.00 0.00
+ATOM 5 HW1 SOL 2 7.140 2.110 4.360 1.00 0.00
+ATOM 6 HW2 SOL 2 6.290 3.480 4.130 1.00 0.00
+ATOM 7 OW SOL 3 14.800 0.880 4.820 1.00 0.00
+ATOM 8 HW1 SOL 3 14.170 0.220 4.420 1.00 0.00
+ATOM 9 HW2 SOL 3 14.940 0.660 5.790 1.00 0.00
+ATOM 10 OW SOL 4 1.310 13.390 0.010 1.00 0.00
+ATOM 11 HW1 SOL 4 2.220 12.990 0.000 1.00 0.00
+ATOM 12 HW2 SOL 4 1.290 14.200 -0.580 1.00 0.00
+ATOM 13 OW SOL 5 9.620 1.630 2.790 1.00 0.00
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+ATOM 17 HW1 SOL 6 4.810 18.030 5.180 1.00 0.00
+ATOM 18 HW2 SOL 6 5.550 19.220 4.350 1.00 0.00
+ATOM 19 OW SOL 7 18.230 6.250 9.910 1.00 0.00
+ATOM 20 HW1 SOL 7 17.820 6.830 10.620 1.00 0.00
+ATOM 21 HW2 SOL 7 18.140 5.290 10.180 1.00 0.00
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+ATOM 49 OW SOL 17 0.820 1.020 8.130 1.00 0.00
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+ATOM 163 OW SOL 55 15.130 16.240 15.640 1.00 0.00
+ATOM 164 HW1 SOL 55 15.070 16.740 14.780 1.00 0.00
+ATOM 165 HW2 SOL 55 15.540 15.340 15.470 1.00 0.00
+ATOM 166 OW SOL 56 14.140 17.760 13.180 1.00 0.00
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+ATOM 172 OW SOL 58 14.300 6.300 9.500 1.00 0.00
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+ATOM 179 HW1 SOL 60 4.590 13.120 18.000 1.00 0.00
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+ATOM 361 OW SOL 121 18.420 11.850 10.100 1.00 0.00
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+ATOM 547 OW SOL 183 16.380 2.410 1.050 1.00 0.00
+ATOM 548 HW1 SOL 183 15.560 2.940 0.850 1.00 0.00
+ATOM 549 HW2 SOL 183 16.540 2.390 2.030 1.00 0.00
+ATOM 550 OW SOL 184 14.240 4.090 0.740 1.00 0.00
+ATOM 551 HW1 SOL 184 13.340 3.670 0.610 1.00 0.00
+ATOM 552 HW2 SOL 184 14.320 4.890 0.130 1.00 0.00
+ATOM 553 OW SOL 185 11.410 3.740 5.070 1.00 0.00
+ATOM 554 HW1 SOL 185 11.110 4.540 5.600 1.00 0.00
+ATOM 555 HW2 SOL 185 12.350 3.870 4.770 1.00 0.00
+ATOM 556 OW SOL 186 14.140 15.600 0.250 1.00 0.00
+ATOM 557 HW1 SOL 186 14.650 14.730 0.220 1.00 0.00
+ATOM 558 HW2 SOL 186 14.750 16.330 0.550 1.00 0.00
+ATOM 559 OW SOL 187 1.620 14.090 14.250 1.00 0.00
+ATOM 560 HW1 SOL 187 2.590 14.230 14.480 1.00 0.00
+ATOM 561 HW2 SOL 187 1.130 13.790 15.060 1.00 0.00
+ATOM 562 OW SOL 188 0.510 7.640 0.940 1.00 0.00
+ATOM 563 HW1 SOL 188 -0.010 8.370 1.390 1.00 0.00
+ATOM 564 HW2 SOL 188 0.260 6.760 1.350 1.00 0.00
+ATOM 565 OW SOL 189 7.800 3.010 1.000 1.00 0.00
+ATOM 566 HW1 SOL 189 7.350 3.350 1.820 1.00 0.00
+ATOM 567 HW2 SOL 189 7.130 2.930 0.260 1.00 0.00
+ATOM 568 OW SOL 190 3.860 16.430 18.040 1.00 0.00
+ATOM 569 HW1 SOL 190 4.240 15.500 17.980 1.00 0.00
+ATOM 570 HW2 SOL 190 4.330 16.930 18.760 1.00 0.00
+ATOM 571 OW SOL 191 7.970 5.160 6.310 1.00 0.00
+ATOM 572 HW1 SOL 191 7.610 5.180 5.380 1.00 0.00
+ATOM 573 HW2 SOL 191 8.950 5.390 6.300 1.00 0.00
+ATOM 574 OW SOL 192 5.180 8.050 3.180 1.00 0.00
+ATOM 575 HW1 SOL 192 5.960 8.240 3.770 1.00 0.00
+ATOM 576 HW2 SOL 192 4.450 8.710 3.360 1.00 0.00
+ATOM 577 OW SOL 193 5.320 4.040 11.630 1.00 0.00
+ATOM 578 HW1 SOL 193 4.760 4.430 10.900 1.00 0.00
+ATOM 579 HW2 SOL 193 5.190 4.560 12.470 1.00 0.00
+ATOM 580 OW SOL 194 9.180 3.220 8.030 1.00 0.00
+ATOM 581 HW1 SOL 194 8.530 3.670 7.420 1.00 0.00
+ATOM 582 HW2 SOL 194 8.850 3.280 8.970 1.00 0.00
+ATOM 583 OW SOL 195 6.250 16.200 9.630 1.00 0.00
+ATOM 584 HW1 SOL 195 6.060 17.150 9.900 1.00 0.00
+ATOM 585 HW2 SOL 195 5.660 15.580 10.150 1.00 0.00
+ATOM 586 OW SOL 196 14.720 3.750 7.690 1.00 0.00
+ATOM 587 HW1 SOL 196 15.690 3.660 7.900 1.00 0.00
+ATOM 588 HW2 SOL 196 14.590 4.500 7.050 1.00 0.00
+ATOM 589 OW SOL 197 8.040 18.930 0.160 1.00 0.00
+ATOM 590 HW1 SOL 197 7.940 18.030 -0.280 1.00 0.00
+ATOM 591 HW2 SOL 197 7.160 19.410 0.120 1.00 0.00
+ATOM 592 OW SOL 198 7.630 6.170 10.510 1.00 0.00
+ATOM 593 HW1 SOL 198 8.420 6.770 10.370 1.00 0.00
+ATOM 594 HW2 SOL 198 7.940 5.260 10.760 1.00 0.00
+ATOM 595 OW SOL 199 16.080 0.490 13.880 1.00 0.00
+ATOM 596 HW1 SOL 199 15.880 0.910 14.770 1.00 0.00
+ATOM 597 HW2 SOL 199 15.350 -0.140 13.630 1.00 0.00
+ATOM 598 OW SOL 200 16.050 10.440 7.050 1.00 0.00
+ATOM 599 HW1 SOL 200 15.090 10.250 6.840 1.00 0.00
+ATOM 600 HW2 SOL 200 16.300 11.330 6.680 1.00 0.00
+ATOM 601 OW SOL 201 5.100 4.680 4.240 1.00 0.00
+ATOM 602 HW1 SOL 201 4.570 5.360 4.760 1.00 0.00
+ATOM 603 HW2 SOL 201 5.260 5.020 3.320 1.00 0.00
+ATOM 604 OW SOL 202 16.610 5.860 7.050 1.00 0.00
+ATOM 605 HW1 SOL 202 17.090 5.260 6.410 1.00 0.00
+ATOM 606 HW2 SOL 202 17.120 5.900 7.910 1.00 0.00
+ATOM 607 OW SOL 203 3.000 8.680 0.620 1.00 0.00
+ATOM 608 HW1 SOL 203 3.400 9.030 1.470 1.00 0.00
+ATOM 609 HW2 SOL 203 2.160 8.180 0.830 1.00 0.00
+ATOM 610 OW SOL 204 16.610 10.290 14.430 1.00 0.00
+ATOM 611 HW1 SOL 204 17.340 10.970 14.460 1.00 0.00
+ATOM 612 HW2 SOL 204 16.800 9.620 13.700 1.00 0.00
+ATOM 613 OW SOL 205 9.800 1.580 17.190 1.00 0.00
+ATOM 614 HW1 SOL 205 9.470 2.390 16.700 1.00 0.00
+ATOM 615 HW2 SOL 205 9.120 1.310 17.880 1.00 0.00
+ATOM 616 OW SOL 206 18.380 0.930 15.570 1.00 0.00
+ATOM 617 HW1 SOL 206 17.890 1.800 15.550 1.00 0.00
+ATOM 618 HW2 SOL 206 18.970 0.900 16.380 1.00 0.00
+ATOM 619 OW SOL 207 11.390 5.050 9.560 1.00 0.00
+ATOM 620 HW1 SOL 207 11.260 4.060 9.490 1.00 0.00
+ATOM 621 HW2 SOL 207 12.210 5.230 10.110 1.00 0.00
+ATOM 622 OW SOL 208 12.910 7.710 13.290 1.00 0.00
+ATOM 623 HW1 SOL 208 12.800 6.820 12.830 1.00 0.00
+ATOM 624 HW2 SOL 208 12.040 7.980 13.700 1.00 0.00
+ATOM 625 OW SOL 209 10.910 1.030 11.220 1.00 0.00
+ATOM 626 HW1 SOL 209 11.680 1.600 11.520 1.00 0.00
+ATOM 627 HW2 SOL 209 10.880 1.010 10.220 1.00 0.00
+ATOM 628 OW SOL 210 14.420 10.650 17.890 1.00 0.00
+ATOM 629 HW1 SOL 210 13.820 10.260 18.590 1.00 0.00
+ATOM 630 HW2 SOL 210 14.530 11.630 18.060 1.00 0.00
+ATOM 631 OW SOL 211 8.290 17.880 5.620 1.00 0.00
+ATOM 632 HW1 SOL 211 8.610 18.830 5.690 1.00 0.00
+ATOM 633 HW2 SOL 211 7.940 17.580 6.500 1.00 0.00
+ATOM 634 OW SOL 212 1.340 15.380 5.440 1.00 0.00
+ATOM 635 HW1 SOL 212 2.310 15.190 5.590 1.00 0.00
+ATOM 636 HW2 SOL 212 1.220 15.820 4.550 1.00 0.00
+ATOM 637 OW SOL 213 1.240 1.480 13.290 1.00 0.00
+ATOM 638 HW1 SOL 213 2.120 1.370 13.760 1.00 0.00
+ATOM 639 HW2 SOL 213 0.500 1.320 13.940 1.00 0.00
+ATOM 640 OW SOL 214 12.890 16.650 2.540 1.00 0.00
+ATOM 641 HW1 SOL 214 13.280 16.550 1.620 1.00 0.00
+ATOM 642 HW2 SOL 214 13.030 15.810 3.060 1.00 0.00
+ATOM 643 OW SOL 215 12.840 2.690 15.130 1.00 0.00
+ATOM 644 HW1 SOL 215 12.270 3.350 15.620 1.00 0.00
+ATOM 645 HW2 SOL 215 12.520 1.760 15.320 1.00 0.00
+ATOM 646 OW SOL 216 1.780 18.470 4.460 1.00 0.00
+ATOM 647 HW1 SOL 216 1.560 18.090 3.560 1.00 0.00
+ATOM 648 HW2 SOL 216 2.760 18.680 4.500 1.00 0.00
+ATOM 649 OW SOL 217 18.060 18.720 12.240 1.00 0.00
+ATOM 650 HW1 SOL 217 17.550 18.920 13.080 1.00 0.00
+ATOM 651 HW2 SOL 217 18.590 19.530 11.980 1.00 0.00
+ATOM 652 OW SOL 218 10.390 9.700 2.370 1.00 0.00
+ATOM 653 HW1 SOL 218 10.400 8.980 3.070 1.00 0.00
+ATOM 654 HW2 SOL 218 9.720 10.400 2.630 1.00 0.00
+ATOM 655 OW SOL 219 5.600 0.860 8.640 1.00 0.00
+ATOM 656 HW1 SOL 219 5.590 0.430 9.540 1.00 0.00
+ATOM 657 HW2 SOL 219 4.900 1.580 8.600 1.00 0.00
+ATOM 658 OW SOL 220 7.910 10.060 12.060 1.00 0.00
+ATOM 659 HW1 SOL 220 8.840 9.730 11.900 1.00 0.00
+ATOM 660 HW2 SOL 220 7.440 9.450 12.690 1.00 0.00
+ATOM 661 OW SOL 221 9.040 11.720 3.400 1.00 0.00
+ATOM 662 HW1 SOL 221 9.210 11.440 4.350 1.00 0.00
+ATOM 663 HW2 SOL 221 9.480 12.600 3.240 1.00 0.00
+TER
+ENDMDL
diff --git a/test/test_frame.py b/test/test_frame.py
index 16e47f9f3736d59437b087158cb1ea5d898d8c68..344ff8b7c71bb355f1baf13c67f9a26f519c46ef 100644
--- a/test/test_frame.py
+++ b/test/test_frame.py
@@ -6,7 +6,7 @@ import logging
import numpy as np
from pycgtool.frame import Atom, Residue, Frame
-from pycgtool.frame import FrameReaderSimpleTraj, FrameReaderMDAnalysis, FrameReader
+from pycgtool.frame import FrameReaderSimpleTraj, FrameReaderMDAnalysis, FrameReaderMDTraj, FrameReader
try:
import mdtraj
@@ -54,6 +54,31 @@ class ResidueTest(unittest.TestCase):
class FrameTest(unittest.TestCase):
+ def helper_read_xtc(self, frame, first_only=False, skip_names=False):
+ self.assertEqual(663, frame.natoms)
+ self.assertEqual(221, len(frame.residues))
+ self.assertEqual(3, len(frame.residues[0].atoms))
+ if not skip_names: # MDTraj renames water
+ self.assertEqual("SOL", frame.residues[0].name)
+ self.assertEqual("OW", frame.residues[0].atoms[0].name)
+
+ atom0_coords = np.array([
+ [0.696, 1.330, 1.211],
+ [1.176, 1.152, 1.586],
+ [1.122, 1.130, 1.534]
+ ])
+
+ box_vectors = np.array([
+ [1.89868, 1.89868, 1.89868],
+ [1.9052, 1.9052, 1.9052],
+ [1.90325272, 1.90325272, 1.90325272]
+ ])
+
+ for i in range(1 if first_only else len(atom0_coords)):
+ np.testing.assert_allclose(atom0_coords[i], frame.residues[0].atoms[0].coords)
+ np.testing.assert_allclose(box_vectors[i], frame.box, rtol=1e-4) # PDB files are f9.3
+ frame.next_frame()
+
def test_frame_create(self):
Frame()
@@ -64,35 +89,39 @@ class FrameTest(unittest.TestCase):
self.assertEqual(residue, frame.residues[0])
self.assertTrue(residue is frame.residues[0])
- def helper_read_gro(self, frame):
- self.assertEqual(221, len(frame.residues))
- self.assertEqual("SOL", frame.residues[0].name)
- self.assertEqual(3, len(frame.residues[0].atoms))
- self.assertEqual("OW", frame.residues[0].atoms[0].name)
- np.testing.assert_allclose(np.array([0.696, 1.33, 1.211]),
- frame.residues[0].atoms[0].coords)
-
def test_frame_simpletraj_read_gro(self):
frame = Frame("test/data/water.gro", xtc_reader="simpletraj")
- self.helper_read_gro(frame)
+ self.helper_read_xtc(frame, first_only=True)
- # MDTRAJ changes water name to HOH
- @unittest.expectedFailure
@unittest.skipIf(not mdtraj_present, "MDTRAJ or Scipy not present")
def test_frame_mdtraj_read_gro(self):
logging.disable(logging.WARNING)
frame = Frame("test/data/water.gro", xtc_reader="mdtraj")
logging.disable(logging.NOTSET)
- self.helper_read_gro(frame)
+ self.helper_read_xtc(frame, first_only=True, skip_names=True)
@unittest.skipIf(not mdanalysis_present, "MDAnalysis not present")
def test_frame_mdanalysis_read_gro(self):
reader = FrameReaderMDAnalysis("test/data/water.gro")
frame = Frame.instance_from_reader(reader)
- self.helper_read_gro(frame)
+ self.helper_read_xtc(frame, first_only=True)
+
+ @unittest.skipIf(not mdtraj_present, "MDTRAJ or Scipy not present")
+ def test_frame_mdtraj_read_pdb(self):
+ reader = FrameReaderMDTraj("test/data/water.pdb")
+ frame = Frame.instance_from_reader(reader)
+
+ self.helper_read_xtc(frame, first_only=True, skip_names=True)
+
+ @unittest.skipIf(not mdanalysis_present, "MDAnalysis not present")
+ def test_frame_mdanalysis_read_pdb(self):
+ reader = FrameReaderMDAnalysis("test/data/water.pdb")
+ frame = Frame.instance_from_reader(reader)
+
+ self.helper_read_xtc(frame, first_only=True)
def test_frame_output_gro(self):
frame = Frame("test/data/water.gro")
@@ -113,26 +142,6 @@ class FrameTest(unittest.TestCase):
logging.disable(logging.NOTSET)
self.assertEqual(11, frame.numframes)
- def helper_read_xtc(self, frame):
- self.assertEqual(663, frame.natoms)
- # These are the coordinates from the gro file
- np.testing.assert_allclose(np.array([0.696, 1.33, 1.211]),
- frame.residues[0].atoms[0].coords)
- np.testing.assert_allclose(np.array([1.89868, 1.89868, 1.89868]),
- frame.box)
- frame.next_frame()
-
- # These coordinates are from the xtc file
- np.testing.assert_allclose(np.array([1.176, 1.152, 1.586]),
- frame.residues[0].atoms[0].coords)
- np.testing.assert_allclose(np.array([1.9052, 1.9052, 1.9052]),
- frame.box)
- frame.next_frame()
- np.testing.assert_allclose(np.array([1.122, 1.130, 1.534]),
- frame.residues[0].atoms[0].coords)
- np.testing.assert_allclose(np.array([1.90325272, 1.90325272, 1.90325272]),
- frame.box)
-
def test_frame_simpletraj_read_xtc(self):
frame = Frame(gro="test/data/water.gro", xtc="test/data/water.xtc",
xtc_reader="simpletraj")
@@ -145,7 +154,7 @@ class FrameTest(unittest.TestCase):
xtc_reader="mdtraj")
logging.disable(logging.NOTSET)
- self.helper_read_xtc(frame)
+ self.helper_read_xtc(frame, skip_names=True)
@unittest.skipIf(not mdanalysis_present, "MDAnalysis not present")
def test_frame_mdanalysis_read_xtc(self):
@@ -173,7 +182,7 @@ class FrameTest(unittest.TestCase):
reader = FrameReaderSimpleTraj("test/data/water.gro")
frame = Frame.instance_from_reader(reader)
- self.helper_read_gro(frame)
+ self.helper_read_xtc(frame, first_only=True)
def test_frame_instance_from_reader_dummy(self):
class DummyReader(FrameReader):