From b8414e953d5160d4008baf66c8ed37629e4fc810 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Clare <chorscroft@users.noreply.github.com> Date: Sun, 12 Jul 2020 03:29:16 +0100 Subject: [PATCH] Edit to final test --- tests/testthat/test-create_LDprofile.R | 48 +++++++++++++++----------- 1 file changed, 27 insertions(+), 21 deletions(-) diff --git a/tests/testthat/test-create_LDprofile.R b/tests/testthat/test-create_LDprofile.R index 051ae0d..27a5878 100644 --- a/tests/testthat/test-create_LDprofile.R +++ b/tests/testthat/test-create_LDprofile.R @@ -243,31 +243,37 @@ test_that("create_LDprofile calculates the LD profile correctly with missing val #Tested manually ## Test the function when beta estimation doesn't work the first try -x1<-matrix(c(1,1,1,2,1,2,1,1,1,2,1,2,2,2,2, - 1,1,1,2,1,2,2,2,2,1,1,2,1,1,2, - 1,2,1,2,1,1,1,2,1,1,2,1,2,2,2, - 1,2,1,2,1,1,2,1,2,2,1,2,2,1,2, - 1,2,1,2,1,2,1,2,1,2,1,1,2,1,2, - 1,2,2,1,1,2,1,2,2,1,2,1,1,1,2, - 1,1,2,2,1,1,2,1,2,2,2,1,1,1,2, - 1,1,2,1,1,1,2,2,1,2,2,1,1,1,2, - 1,1,1,1,1,2,2,2,2,1,2,1,2,2,2, - 1,2,2,2,2,1,2,1,2,1,2,2,2,1,2, - 1,2,1,1,1,1,2,1,1,1,2,1,1,2,2, - 1,1,1,2,2,1,2,1,2,1,1,2,2,1,2, - 1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,1,2,2,1,2, - 1,2,2,1,2,1,1,1,2,1,2,1,2,1,2, - 1,1,2,1,1,1,2,2,2,1,1,1,2,1,2),byrow=TRUE,nrow=15) +x1<-matrix(c(1,1,2,1,2,1,1,2,1,2,2,1,2,1,2, + 1,1,1,1,1,2,2,2,2,1,1,1,2,2,2, + 1,1,1,1,1,1,2,1,2,2,2,1,1,2,2, + 1,2,2,1,1,2,1,1,2,1,1,2,1,2,2, + 1,2,2,1,2,1,1,2,2,1,2,2,1,2,2, + 1,2,2,2,2,1,2,1,1,1,1,1,1,1,2, + 1,2,2,1,1,1,1,2,2,2,2,2,1,1,2, + 1,2,1,2,1,1,1,2,1,1,1,2,2,2,2, + 1,2,2,2,1,1,2,1,1,1,2,2,2,1,2, + 1,1,2,1,2,1,1,1,1,1,2,1,2,1,2, + 1,1,1,2,1,2,2,1,2,1,1,1,2,1,2, + 1,2,2,2,2,2,1,2,1,2,1,1,1,1,2, + 1,2,1,2,1,1,1,1,2,2,2,1,2,1,2, + 1,2,1,2,2,1,2,1,2,1,2,1,2,1,2, + 1,2,2,2,2,1,2,2,1,1,2,2,2,2,2, + 1,1,2,2,2,1,2,2,1,1,1,1,1,2,2, + 1,2,1,2,2,2,1,2,2,1,1,1,1,2,2, + 1,2,1,2,1,2,2,2,1,2,1,2,2,1,2, + 1,1,1,2,1,2,2,2,1,2,2,2,1,2,2, + 1,1,1,2,2,2,1,1,1,2,1,2,2,1,2),byrow=TRUE,nrow=20) test_that("create_LDprofile calculates the LD profile correctly when beta calculation fails on first attempt", { - expect_equal(create_LDprofile(dist = rep(0,15), x = x1, bin_size = 0.001, max_dist = 0.001, beta_params = TRUE), + expect_equal(create_LDprofile(dist = rep(0,20), x = x1, bin_size = 0.001, beta_params = TRUE), data.frame( bin=c(0), - rsq=c(0.0754751721676325), - sd=c(0.0928525038706074), - Beta_a=c(0.795140679587351), - Beta_b=c(9.0658860153924), - n=c(105) + rsq=c(0.0665701124504383), + sd=c(0.0932577303343809), + Beta_a=c(0.641838135131359), + Beta_b=c(8.47114586606102), + n=c(190) ),tolerance=0.0001) }) ## Test the function when beta estimation doesn't work on the second try +## Tested manually -- GitLab